Si bien los biocombustibles aparecieron como la respuesta ecológica frente a los combustibles fósiles, en la actualidad es cada vez más cuestionada esta característica ya que diferentes estudios afirman que en su producción y utilización se derivan efectos perjudiciales para el medio ambiente.

Para comenzar aparentemente no es capaz de reducir grandes emisiones de CO2 y se le adjudican efectos de deforestación y graves impactos ambientales en zonas de alto valor ecológico que el creciente desarrollo de producción en Biomasa esta generando en el planeta.