El Proyecto Indemares tiene por fin proteger y conservar los ecosistemas marinos de España, que con sus 8.000 km de costa es uno de los países más ricos en biodiversidad marina de toda Europa. Es fundamental fomentar el uso sostenible de losrecursosde mares y océanos para su preservación.

Indemares también pretende caracterizar los ecosistemas marinos españoles en la Red Natura 2000, una red ecológica europea que promueve la conservación de las especies más amenazadas. Si bien gran parte del territorio español está contemplado por la red, lo mismo no ocurre con la superficie marina, que cuenta con una integración de sólo un 0,5%.