Como sucede con tantos otros mares, océanos o hábitats ecológicos, el Mar Mediterráneo sufre de un intenso grado de contaminación.

Comenzando por desechos domésticos ya sea de sus propios habitantes o mismo de turistas, son complementados por los vertidos industriales y agrícolas que alteran notablemente las características biológicas del agua convirtiéndola inhabitable para ciertas especies.

Todos estos desperdicios son concentrados formando una gigantesca masa de desechos de 5km de longitud de largo por 2km de ancho con 60m. de profundidad.

Otro medio importante de contaminación es la influencia de la minería, ya que se han encontrado grandes rastros de mercurio, plomo, cadmio, zinc, magnesio y otros materiales pesados que modifican y aniquilan toda flora o fauna.