Si bien los biocombustibles aparecieron como la respuesta ecológica frente a los combustibles fósiles, en la actualidad es cada vez más cuestionada esta característica ya que diferentes estudios afirman que en su producción y utilización se derivan efectos perjudiciales para el medio ambiente.

Para comenzar aparentemente no es capaz de reducir grandes emisiones de CO2 y se le adjudican efectos de deforestación y graves impactos ambientales en zonas de alto valor ecológico que el creciente desarrollo de producción en Biomasa esta generando en el planeta.

Además se ha visto alterado el precio de los alimentos, y a su vez la generación de biocombustibles afianzan un modelo agrícola de explotación laboral con alta dependencia de poderosas multinacionales.

Su participación en la lucha contra el cambio climático esta en seria duda, debido a que para su producción en cultivos se roturan terrenos vírgenes que podrían utilizarse en alimentos, se utiliza maquinaria pesada que actúa con combustible convencional, se utilizan fertilizantes y plaguicidas y se gasta mucha energía en transporte y procesamiento de la materia prima, por lo que hace pensar que por el contrario, significa un punto en contra a la ecología.